郑杰
副教授、研究员、博导
博士毕业院校:美国加州大学河滨分校
电话:(021) 20684861
办公室:信息学院3-432室
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研究领域
个人简历
代表性论文

研究领域

  • 数据科学

  • 生物信息学

  • 健康医疗大数据

  • 人工智能


个人简历

郑杰,信息学院副教授,目前在学院担任智能医学信息研究中心主任、招生委员会主任。

郑杰博士于2000年6月获得浙江大学计算机科学与工程学士学位(省级优秀毕业生),于2006年7月在美国加州大学河滨分校获得计算机科学与工程博士学位。2006年8月至2011年2月,郑博士在美国国立卫生研究院(NIH)下属国家生物技术信息中心(NCBI)从事博士后研究。之后,他在新加坡南洋理工大学计算机科学与工程学院担任助理教授,同时担任新加坡科技研究局(A*STAR)基因组研究所(Genome Institute of Singapore)客座研究员。郑杰博士于2018年6月加盟上海科技大学信息科学与技术学院任副教授。

郑杰博士已发表70多篇期刊论文(其中18篇影响因子5以上)及50多篇会议论文。他还担任多个国际学术会议程序委员和审稿人(包括两个会议的程序委员会共同主席),并每年多次为核心期刊审稿。他在新加坡主持完成3个国家级科研项目(总计两百多万新币),并参与其它10多个合作项目。2015年郑博士作为数学建模教练的南洋理工大学团队在国际基因工程大赛(iGEM)获得金牌。他还获得2017年国际生物信息学大会(InCoB)最佳论文奖(金牌)。郑博士曾连续两次获得南洋理工大学“优秀教师奖”提名。他于 2019年、2020年连续两年获得上海科技大学“优秀教师”称号。在2019年,郑博士被评为上海高校“东方学者”特聘教授。


代表性论文

  1. Shike Wang#, Fan Xu# (joint first authors), Yunyang Li, Jie Wang, Ke Zhang, Yong Liu, Min Wu*, Jie Zheng*. KG4SL: Knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers. Bioinformatics, Vol. 37, pp. i418-i425 (ISMB/ECCB 2021 special issue, , acceptance rate 19%), 2021 (IF = 7.14).

  2. Fan Xu#, Shike Wang# (joint first authors), Xinnan Dai, Piyushkumar A. Mundra, Jie Zheng*. Ensemble learning models that predict surface protein abundance from single-cell multimodal omics data. Methods, Vol. 189, pp. 65-73, 2021 (IF = 3.812).

  3. Yong Liu, Min Wu*, Chenghao Liu, Xiao-Li Li, Jie Zheng* (joint corresponding authors). SL2MF: Predicting synthetic lethality in human cancers via logistic matrix factorization. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 17(3): 748-757, 2020 (IF = 3.03).

  4. Jing Guo, Jie Zheng*. HopLand: Single-cell pseudotime recovery using continuous Hopfield network based modeling of Waddington’s epigenetic landscape. Bioinformatics, 33(14): i102 – i109 (special issue of ISMB/ECCB 2017, acceptance rate 16.5%), 2017 (IF = 7.14).

  5. Jing Guo, Feng Lin, Xiaomeng Zhang, Vivek Tanavde, Jie Zheng*. NetLand: quantitative modeling and visualization of Waddington’s epigenetic landscape using probabilistic potential. Bioinformatics, 33(10), pp. 1583 – 1585, 2017 (IF = 7.14).

  6. Jing Guo, Hui Liu*, Jie Zheng*. SynLethDB: synthetic lethality database toward discovery of selective and sensitive anticancer drug targets. Nucleic Acids Research, 44 (D1): D1011 – D1017, 2016 (IF = 16.48).

  7. Haifen Chen, Jing Guo, Shital K Mishra, Paul Robson, Mahesan Niranjan, Jie Zheng*. Single-cell transcriptional analysis to uncover regulatory circuits driving cell fate decisions in early mouse development. Bioinformatics, 31(7), pp. 1060 – 1066, 2015 (IF = 7.14).

  8. Fan Zhang, Min Wu, Xuejuan Li, Xiaoli Li, Chee Keong Kwoh, Jie Zheng*. Predicting essential genes and synthetic lethality via influence propagation in signaling pathways of cancer cell fates. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (JBCB), 13(03), 1541002, 2015 (IF = 1.08).

  9. Min Wu, Xuejuan Li, Fan Zhang, Xiaoli Li, Chee-Keong Kwoh, Jie Zheng*. In Silico Prediction of Synthetic Lethality by Meta-Analysis of Genetic Interactions, Functions, and Pathways in Yeast and Human Cancer. Cancer Informatics, 13(Suppl. 3), pp. 71-80, 2014 (IF = 2.06).

  10. J. Mei*, C-K Kwoh, P. Yang, X-L Li, J. Zheng. Drug-Target Interaction Prediction by Learning from Local Information and Neighbors. Bioinformatics, 29(2): 238-245, 2013 (IF = 7.14).