范睿课题组官加文(研)18年12月参加BIBM 2018国际会议

发布者:王雪发布时间:2018-12-17浏览次数:127

我和导师范睿教授,中科院上海生命科学研究所博士生李杰夫和他的导师王泽峰教授合作的论文《Paean: A parallel transcriptome quantification tool combining gene expression and alternative splicing events using GPU》被IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (简称BIBM) 2018国际会议接收,应邀于2018122-8日前往西班牙马德里参加会议,并于126号做大会报告。BIBM 2018是生物信息学和生物医学领域的旗舰会议,为传播生物信息学和健康信息学的最新研究提供了一个重要的平台,汇集了来自计算机科学,生物学,化学,医学,数学和统计学的学术和工业科学家,也是中国计算机学会交叉/综合/新兴方向的B类会议。我们开发了第一个基于CPU-GPU异构系统的转录组定量工具,用来分析RNA测序的数据,速度是目前相似工具的20倍。此行除了向同行介绍我们的工作,更重要的是了解学习其他同行的研究工作。

本次出访收获颇多。我不仅得到了科研技巧上的指导,也学习了国际上最新的科研成果,如论文《Evaluation of using a collective approach when selecting biomarker features from machine learning models》介绍了机器学习模型如何用于提取生物标志物的特征。

  



workshop上,我学习了如何参加学术会议以及如何向他人介绍自己以及自己的研究内容。

BIBM会议期间,我也学习到了一些和我们做的类似的研究,如来自东京大学的论文《Virtual Grid Engine: Accelerating thousands of omics sample analyses using large-scale supercomputers》介绍了利用超级计算机加速短DNA序列mapping;另一篇论文《GPU-accelerated CellProfiler》介绍了通过修改代码的结构,依赖条件等,使之适用于GPU来加速细胞分析,达到了一个比较好的效果。这些论文为我们后续的研究提供了一些很好的思路。

后续我们将继续开发这个工具,结合会议上同行们的宝贵的思路,使之获得更大的加速;同时完善整个定量系统,使之能真正投入使用,为生物科研工作者节省宝贵的时间。