• / Prof. Jie Zheng / 郑杰 副教授、研究员
    电话:(021) 20684861
    Email: zhengjie@@shanghaitech.edu.cn
    办公室: 上海市浦东新区华夏中路393号信息学院2-302D室
    专业方向: 计算机科学与技术
Prof. Jie Zheng / 郑杰 副教授、研究员

电 话:(021) 20684861
Email :zhengjie@@shanghaitech.edu.cn
办公室:上海市浦东新区华夏中路393号信息学院2-302D室
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专业方向: 计算机科学与技术

研究领域

数据科学

生物信息学

健康医疗大数据

人工智能


个人简历

       郑杰博士于2000年6月获得浙江大学计算机科学与工程学士学位(省级优秀毕业生),于2006年7月在美国加州大学河滨分校获得计算机科学与工程博士学位。2006年8月至2011年2月,郑博士在美国国立卫生研究院(NIH)下属国家生物技术信息中心(NCBI)从事博士后研究。之后,他在新加坡南洋理工大学计算机科学与工程学院担任助理教授,同时担任新加坡科技研究局(A*STAR)基因组研究所(Genome Institute of Singapore)客座研究员。郑杰博士于2018年6月加盟上海科技大学信息科学与技术学院任副教授。
   郑杰博士已发表50多篇杂志论文(其中14篇影响因子5以上)及40多篇会议论文。他还担任多个国际学术会议程序委员和审稿人(包括两个会议的程序委员会共同主席),并每年多次为核心期刊审稿。他在新加坡主持完成3个国家级科研项目(总计两百多万新币),并参与其它10多个合作项目。2015年郑博士作为数学建模教练的南洋理工大学团队在国际基因工程大赛(iGEM)获得金牌。他还获得2017年国际生物信息学大会(InCoB)最佳论文奖(金牌)。郑博士曾连续两次获得南洋理工大学“优秀教师奖”提名。


代表性论文

1.Zhou, X., Yin, R., Kwoh, C. K., and Zheng, J. (2018). A context-free encoding scheme of protein sequences for predicting antigenicity of diverse influenza A viruses. BMC genomics, 19(10), 936.

2.Zhou, X., Yin, R., Zheng, J., and Kwoh, C. K. (2018). An encoding scheme capturing generic priorsand properties of amino acids improves protein classification. IEEE Access.

3.Chong, K. H., Samarasinghe, S., Kulasiri, D., and Zheng, J. (2018). Mathematical modelling of core regulatory mechanism in p53 protein that activates apoptotic switch. Journal of theoretical biology.

4.Yin R, Zhou X, Zheng J, et al. Computational identification of physicochemical signatures for host tropism of influenza A virus[J]. Journal of bioinformaticsand computational biology, 2018: 1840023-1840023.

5.1.Jing Guo, Jie Zheng*. HopLand: Single-cell pseudotime recovery using continuous Hopfield network based modeling of Waddingtons epigenetic landscape, Bioinformatics, 33(14): i102  i109 (special issue of flagship conference ISMB/ECCB 2017, acceptance rate 16.5%), 2017 (IF= 7.307). 

6.Lichun Ma, Jie Zheng*. A polynomial based model for cell fate prediction in human diseases. BMC Systems Biology, 11(Suppl 7):126, 2017 (Best Paper Award, Gold Medal, the 16th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2017)). 

7.Jing Guo, Feng Lin, Xiaomeng Zhang, Vivek Tanavde, Jie Zheng*. NetLand: quantitative modeling and visualization of Waddingtons epigenetic landscape using probabilistic potential. Bioinformatics, 33(10), pp. 1583  1585, 2017 (IF = 7.307).

8.Jing Guo, Hui Liu, Jie Zheng*. SynLethDB: synthetic lethality database toward discovery of selective and sensitive anticancer drug targets. Nucleic Acids Research, 44 (D1): D1011  D1017, 2016 (IF = 10.162).

9.Haifen Chen, Jing Guo, Shital K Mishra, Paul Robson, Mahesan Niranjan, Jie Zheng*. Single-cell transcriptional analysis to uncover regulatory circuits driving cell fate decisions in early mouse development. Bioinformatics, 31(7), pp. 1060  1066, 2015 (IF = 7.307).

10.Jian-Ping Mei, Chee-Keong Kwoh, Peng Yang, Xiao-Li Li, Jie Zheng. Drug-Target Interaction Prediction by Learning from Local Information and Neighbors. Bioinformatics, 29(2): 238-245, 2013 (IF = 7.307).

11.Jie Zheng, Pavel P. Khil, R. Daniel Camerini-Otero, Teresa M. Przytycka. Detecting sequence polymorphisms associated with meiotic recombination hotspots in the human genome. Genome Biology, 11:R103. 2010 (Highly accessed) (IF = 11.313).

12.Jie Zheng*, David Zhang, Pawel F. Przytycki, Rafal Zielinski, Jacek Capala, Teresa M. Przytycka* (co-corresponding authors). SimBoolNet - A Cytoscape plugin for dynamic simulation of signaling networks. Bioinformatics, 26(1): 141-142, 2010 (IF = 7.307).